Según datos históricos, Baños no tuvo registros de fundación alguna o fundador, nos mencionan que se llegó a poblar por pequeños grupos de indios, mestizos y españoles que comerciaban productos desde el oriente hacia la serranía, y desde aquel tiempo, este lugar cautivó a todo aquel que acudían a refrescarse en sus vertientes de aguas termales provenientes de las entrañas del volcán Tungurahua sin embargo existe la fecha de cantonización según el Registro Oficial data del 16 de diciembre de 1944.
El Padre Sebastián Acosta culmina la Basílica y el Convento de la Virgen de Agua Santa en 1944, la misma que tiene una decoración barroca del Padre Enrique Mideros; mientras que los altares, púlpitos y confesionarios fueron tallados por el maestro Juan Manzano y su equipo de artistas; las puertas, los enchapados, el mobiliario hechos por Ángel Ríos y sus operarios.

El turismo nacional y extrangero tuvo su auge en los años 80 , y a partir de la década de los 90 se dinamizó la economía gracias al turismo permitiendo la creación de mas servidores turísticos.

En 1999 empieza el proceso eruptivo del volcán Tungurahua y el 16 de octubre de ese año se produce la evacuación histórica total de la ciudad de manera obligada, y el 5 de enero del 2000 sus habitantes ingresan a la ciudad a la fuerza enfrentándose a los militares que custodiaban la ciudad y su ingreso.